Dins del CRG, el grup de Bioinformàtica Comparativa de Cedric Notredame està format per científics de molt diverses nacionalitats. “Cal tenir en compte que la gent que ve d´un entorn cultural i científic diferent al teu no pensarà de la mateixa manera que tu i probablement tingui una manera diferent d´atacar el problema amb el que s’està treballant, cosa que ajudarà a resoldre´l” diu en Cedric.
Aquest grup inclou biòlegs, físics i bioinformàtics que treballen junts per aconseguir un objectiu: desenvolupar mètodes i eines per analitzar qualsevol grup de dades que hagi estat obtingut a partir de mostres biològiques. El seu objectiu principal és l’anàlisi i la comparació de seqüències múltiples. Els reptes futurs inclouen treballar amb seqüències llargues o l’alineació de seqüències no codificants o no transcrites. El grup també desenvolupa eines per comparar altres senyals biològics rellevants, per exemple en col·laboració amb la Mara Dierssen del CRG. “Enlloc d´una seqüència biològica ella té registres del comportament de ratolins addictes a la xocolata” explica en Notredame. “Nosaltres convertim aquesta informació en una seqüència de dades i apliquem la nostra tecnologia per analitzar-la.
Els sabors del cafè ajuden a trobar el senyal
Els projectes de recerca del grup tenen el nom de diferents sabors de cafè com ara T-Coffee, M-Coffee i MOCCA. El programa T- Coffee va ser anomenat originalment d´aquesta manera gràcies a que en Cedric, quan encara era estudiant de doctorat, va buscar el nom més “absurd” però amb sentit que se li va ocórrer. En realitat ve de Tree based Consistency Objective Function For Alignment Evaluation
És una eina flexible que fa possible combinar moltes alineacions alternatives en una de sola, basant-se en l´estimació de la coherència entre cada un d'ells. A més a més permet a l´investigador afegir i comparar informació addicional relacionada amb la seqüència, com l’estructura o les regions homòlogues.
És important que tot sigui d´accés lliure
Totes aquestes eines són gratuïtes i són utilitzades per gent de mes de 90 països. Tot i que hi ha altres eines disponibles, el científic no ho veu com una competència, sinó més aviat com una suma de solucions, cada una per a un problema diferent. “Estem comparant les diferents aplicacions i intentant esbrinar com podrien ser combinades en una per obtenir la millor eina de modelatge”, resumeix en Cedric. Assenyala, a més ,que tots els programes haurien de ser d’accés lliure i fàcils d’instal·lar i d’entendre, de manera que el biòleg sàpiga quin és el millor programa per utilitzar en una situació o una altra.
Biologia In Silvo
Tot i que com a estudiant de doctorat, en Cedric somiava en conquerir el món fent biologia in silico per sol•lucionar-ho tot des de l´ordinador, ara explica que el futur està en la biologia in silvo, que representa la combinació de les anàlisis in vivo de mostres biològiques amb un processament posterior in silico.
La necessitat d’ aquests tipus de programes i el desenvolupament constant de nous mètodes va lligat a la naturalesa de la actual biologia puntera. Mentre que el coll d'ampolla en biologia solia ser la generació de dades, avui en dia és la interpretació d’aquestes. Tot i que la biologia no ha canviat, les eines de la biologia moderna han evolucionat. Les màquines fan part de la feina, i els conjunts de dades creixen superexponencialment, fent difícil emmagatzemar-los i analitzar-los d’una manera apropiada. Al final del dia el biòleg té un CD, però no sap per on començar a mirar o si els resultats han estat estadísticament significatius o no. És en aquest punt que arriben els científics computacionals per dissenyar les eines apropiades.
Per tant, el grup de Notredame té diverses col·laboracions no només al PRBB, sinó també a tot el món. Estan envoltats tant per laboratoris humits, com pels laboratoris computacionals, i se senten ben inclosos en els dos móns.
In Silvo biology is the future of science
Within the CRG, the Comparative Bioinformatics Group of Cedric Notredame boasts an international mixture of scientists. `It’s important to realise that people with different scientific or cultural backgrounds don’t think exactly like you do and they might have a different approach to the problem you are dealing with, which helps to solve it ´, says Cedric.
This group includes biologists, physicists and computational scientists who work together to achieve a single goal: the development of methods and tools to analyse any kind of dataset produced from biological samples. Their main focus is multiple sequence analysis and comparison, and future challenges include having to deal with large sequences or aligning non-coding and non-transcribed sequences. They also develop tools to compare other relevant biological signals, such as in the collaboration with Mara Dierssen at the CRG. `Instead of a biological sequence they have behavioural recordings of mice becoming addicted to chocolate´, Notredame explains. `We convert this information into sequence-like data and apply our technology to analyse it´.
Coffee flavours help you find the signal
The research projects of the group are named after different coffee flavours such as T-Coffee, M-Coffee and MOCCA. The T-Coffee program was originally named as such because, as a PhD student, Cedric was searching for the `silliest´ name he could think of that would still make sense. In reality it stands for Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation. It is a flexible tool that makes it possible to combine many alternative alignments into one single one, based on an estimate of consistency between each of them. Furthermore it allows the researcher to add and compare additional sequence-related information such as structure or homologous regions.
It is important that everything is open source
All of these tools are free and are being used by people from about 90 countries. Even though other tools are available, the scientist does not see it as competition, but rather as a sum of solutions, each addressing a different problem. `We are comparing different applications and trying to figure out how they could be combined into one to get the best modelling tool´ he continues. He further states that all programs should be open source, easy to install and understandable, so that the biologist knows which one is the best to use in a particular situation.
In silvo biology
Even though as a PhD student he dreamed of taking over the world doing in silico biology solving everything in the computer, he now explains that the future is in silvo biology, which represents the combination of in vivo analysis of biological samples that are further processed with an in silico approach.
The necessity for such programs and the constant development of new methods lies within the nature of current cutting-edge biology. Whereas the bottleneck in biology used to be the generation of data, nowadays it is the interpretation of data. Even though biology has not changed, the tools of modern biology have evolved. Machines do part of the work and data sets grow superexponentially making it difficult to store and analyse them in an appropriate way. At the end of the day the biologist has a CD, but does not know where to start looking or whether the findings are statistically meaningful or not. At this point computational scientists come along and design the appropriate tools.
Therefore the group of Notredame has several collaborations not only within the PRBB, but also worldwide. They are surrounded by wet labs as well as by computational labs, and they feel totally incorporated into both worlds.
|
Ajuts i beques
Gestió de sessions
Tornar
